顺利开拓了远东市场，马科斯的公司进入了“成长的烦恼”时代。根据马科斯与罗斯柴尔德银行的协议，他只有苏伊士运河以东的经营权。而在英伦本土，他反而不能销售石油，英国的市场是由罗斯柴尔德和美孚各占一半。这对于一个一门心思要“做大做强”的企业来说，毕竟是一块心病。

更要命的问题是，产业链是壳牌公司的致命薄弱环节。到19世纪90年代，马科斯已经在油轮和储油设备上投入了大量资本，他的全部本钱，都押在来自俄国的石油上。正是这种依赖性，使壳牌在起步初期不得不仰仗罗斯柴尔德和俄国政府的鼻息。作为一个对于政治十分敏感的企业家，马科斯在事业不断发达的同时嗅出了某种不祥的味道。有种种迹象表明，当年扶持罗斯柴尔德联盟的俄国政府，有可能要变卦。俄国人似乎已经准备要限制外国油轮在巴库与海参崴之间的航行，更严峻的是，很有可能俄国会采取措施驱逐开采巴库油田的外国资本。这些威胁不论哪个变成事实，都会置壳牌于死地。看来，石油业从一开始就不可能割断同政治的关系。马科斯清楚地认识到，他现在最需要的是有一个可靠的石油来源地，如果仅仅作为一个贸易商和批发商，太脆弱了。而如果他要拥有一个属于自己的而且可以为他源源不断提供石油资源的石油产地，则情况会大不一样。

正是基于这种心理，1896年，当马科斯听说荷属婆罗洲（分属于今天的马来西亚、文莱和印度尼西亚）可能存在一个大油田的消息时，立刻派遣他的侄子麦克前往那里的东海岸考察，争取建立自己的石油开采地，并着手在亚洲各地建造储油库，作好储油的准备。就在公司正式更名为壳牌不久，1898年在荷属婆罗洲发现了油田。马科斯随即作出决断，把公司的经营重心从巴库油田转移到了婆罗洲。但是，这一次马科斯差一点彻底玩完。他懂运输，懂商机，就是不懂石油，结果为他的外行决策付出了沉重的代价。

这一切，只是因为年轻人做事的轻率。马科斯的侄子在没有进行详细考察的情况下，轻信了荷属东印度公司的保证，花费大价钱购买了油田的采矿权。而马科斯又十分信任自己的侄子，对石油生产的不熟悉也使他无法对侄子提出技术上的质疑。结果，油田买下了，油井也出油了，但是，这个油田的原油，几乎只能炼出重油。当时的石油市场，销量最大的是煤油，重油几乎没有顾客需要。壳牌的巨大油田投资，最后只能炼出没人买的重油，轻油的产出比例极低（重油裂解变成轻油的技术很晚才出现）。而且仅能炼出的一丁点儿轻油，也由于燃点高而销售困难，不得不再用来自巴库油田的轻油来调合，才能卖得出去。这一重大的决策错误，使马科斯追悔莫及，但又无计可施。如日中天的马科斯和他的壳牌公司面临着破产的威胁。绝望的气氛笼罩着整个公司。一切仿佛都已无法挽回。

事情的转机发生在1899年，当时的德国皇帝威廉二世强行从土耳其手中霸占了巴格达铁路的建设权，美国和西班牙之间又爆发了争夺菲律宾的美西战争。这些战争给马科斯的重油提供了销路。他欣喜若狂，充分发挥自己的政治才能，利用自己的关系游说各国军队的上层人物，终于将重油售出，使公司绝地重生。人们不由佩服马科斯的运气好，而这种好运，恰恰是通过他的政治才能实现的。

度过危机之后，马科斯继续为他的石油供应源而努力。这一次，他很精明地回避了自己的弱项。 1901年，他和美国的海湾石油公司合作，预订了该公司未来21年的产量，由海湾公司每年以固定不变的价格供应壳牌公司10万吨石油。这样，来自德克萨斯油田的货源支撑起了壳牌，同时也抢走了洛克菲勒的一个重要合作和贸易伙伴，把壳牌的势力直接打进了洛克菲勒的心腹地带。这些努力，使壳牌公司在度过婆罗洲油田危机后得以持续运行。安排好了这些重大事项，马科斯松了一口气，开始撒手公司事务，而把兴趣转向了他所热衷的政治活动。